文章来源: http://muchong.com/t-13626966-1
大家好,我是VASP小白。
鉴于网上关于在Ubuntu系统安装VASP的教程不多,就想开一个这样的帖子,能让需要的人少走一点弯路。
实际上我也是才刚刚安上!!!
话不多说,直接冲冲冲!
我的工作站的操作系统是Ubuntu 18.04.2
编译器和MPI/MKL库是Intel Parallel Studio XE 2019 Update1
一、安装Intel编译器及相关的库
1.在Intel官网上自行下载,用教育网邮箱可免费申请,申请教程如下:https://www.jianshu.com/p/30682bce5dcf
2.终端输入“tar -xzf 文件名”解压,进入该文件夹,输入“./Install_GUI.sh”进入安装界面。(我是根据sob老师的视频安装的,链接https://www.bilibili.com/video/av39616222/)
3.安装完成后运行“vi ~/.bashrc”设置环境变量,在文本尾部插入“source /home/vayne/intel/bin/compilervars.sh intel64 source /home/vayne/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64”保存并退出(红色区域注意替换你自己的目录)
4.运行“source ~/.bashrc”,使设置生效
二、检查Intel编译器是否安装及配置成功
1.输入“icc -v”
2.输入“ifort -v”
3.输入“which ifort”
4.输入“echo $MKLROOT”
如链接内所示:http://www.v-suan.com/archives/56002.html
三、编译intel fftw3
1.进入intel根目录,找到fftw3xf子文件夹
2.输入“make libintel64”编译,得到libfftw3xf_intel.a
四、编译VASP 5.4.1
1.将VASP安装包里的arch文件夹中的 makefile.include.linux_intel 文件复制粘贴到vasp5.4.1目录,并重命名为 makefile.include (见sob老师视频)
2.双击打开重命名后的 makefile.include 文件,在OFLAG一行添加 -xhost参数 (见sob老师视频)
3.进入vasp 5.4.1目录打开终端,输入“make all” (见sob老师视频)
4.进入vasp5.4.1文件中的bin文件夹,将vasp_std可执行程序重命名为“vasp”(见sob老师视频)
5.将vasp可执行文件路径加入PATH环境变量,在vasp.5.4.1目录里输入“vi ~/.bashrc”,添加命令“export PATH=/home/vayne/下载/vaspvasp1/vasp5,4,1/bin: $ PATH”,保存并退出 (红色部位是我的目录,你们根据自己的情况做修改)
6.运行“source ~/.bashrc”,使设置生效
五、测试VASP看是否安装成功
1.随意找个官网实例测试能否计算即可。
总结下,我是根据如下三个链接教程安装的(https://www.bilibili.com/video/av39616222/ , http://bbs.keinsci.com/thread-11812-1-1.html , http://www.v-suan.com/archives/56002.html),当然要根据自己的电脑做适当的变通。再次说明!!我是VASP小白,请各位看官将就看下,不喜勿喷。我会虚心接受你们的建议的嘻嘻,谢谢大家!
请各位VASP大佬眼熟我,我刚学这软件,目的是为了计算碳纳米管的能带等,探究其热输运机理。以后看到我的求助帖,请不要错过,真诚希望你们不吝赐教!
内存带宽对VASP计算速度影响
全文请看: http://blog.wangruixing.cn/2019/08/19/vasp-memory
其中提到:目前最新版本的VASP代码和VASP6还对intel的AVX-512指令集做了特殊优化,如果买入intel xeon sliver/gold/platinum系列的同学可以尝试用如下指令编译
OFLAG = -O3 -xCORE-AVX512